Samningur sveitarfélagsins um hreinsun rotþróa miðar við að hver rotþró sé tæmd á þriggja ára fresti eða því sem næst. Innifalið í árgjaldi fyrir rotþróarhreinsun er því ein losun á þriggja ára fresti. Þurfi húseigandi einhverra hluta vegna að fá auka losun rotþróar á tímabilinu, greiðir hann sérstaklega fyrir það skv. gjaldskrá sveitarfélagsins. Þegar rotþró er tæmd er seyra og vatn fjarlægt úr öllum hólfum hennar en til þess að tryggja áframhaldandi virkni er vatninu aftur dælt ofaní þróna, en án allra fastefna. Uppdældu efni úr rotþró er síðan ekið til viðurkennds urðunarstaðar.
Til þess að hreinsun geti gengið þurfa húseigendur að tryggja óheft aðgengi að lóðum sínum og sjá til þess að hlið séu ólæst. Til að hægt sé að fjarlægja seyru úr öllum hólfum rotþróar þarf að lágmarki að vera 4 tommu (100mm) stútar á öllum hólfum hennar. Nauðsynlegt er einnig að merkja staðsetningu rotþróar vel t.d. með veifu eða flaggi, til að auðvelda hreinsunarverktakanum að finna þær.